一個國家的種業發展需要良好的制度保障，但我國種業卻不得不長期面對三個制度性缺陷及/或陷阱。
知識產權保護不力，屬于制度性缺陷，須要通過完善和落實知識產權保護制度來修復市場經濟的硬傷。品種審定制度抑制育種創新，如今搞到天怒人怨，成為壓制種業發展的制度陷阱，任何企業、科研機構都逃不脫這個陷阱。最終結局是中國企業失去創新能力。盡管有人給審定制度辯解，2月1日實施的新的品種審定管理辦法甚至在舊審定制度的基礎上更加倒行逆施，但企業、科技人員和一些地方的種子管理部門都越來越看得清楚，這個矛盾算是鐵定了埋在那里，遲早要爆發。盲目投資和局部泡沫則是另一個由不良制度造成的陷阱，其背后的推手是官僚主義加計劃經濟管理方式，其后果是誤導了企業的投資和育種方向，足以置一些企業于死地。
專家教授曾經在一段時期內誤導了育種方向和育種技術路線，也誤導了科技體制改革和技術創新方向，這是利益驅動機制對公益性科研機構造成的惡果。但技術誤導終歸可以扭轉過來，而制度層面卻已經形成利益集團化和權力腐敗化，很難扭轉。在打虎拍蒼蠅的同時，基層則趨向于黑社會化，遲早要騰出手來予以打擊。
來自專家層面的失誤根源在管理體制。一方面是科技部長期計劃經濟管理模式對育種方向有誤導效應，但科技人員尚可以識別和提出修正意見，或者在實踐中巧妙地趨利避害。最近十幾年，科技部對農業科技的影響力弱化，但另一個更糟糕的管理因素，利用了科技界的雙重利益集團和內在矛盾，以更強大的力量誤導玉米育種方向，這就是品種審定制度。這種自以為是揮舞“指揮棒”的行為導致越來越嚴重的人員腐敗和潛規則橫行玉米育種界和種業界。
不要把腐敗責任推卸給企業和基層的科技人員，根源在管理層。中國的種子企業相對計劃經濟管理體制屬于弱勢群體，為了艱難地生存下去而不得不屈服于來自官僚集團的制度性扭曲和腐敗，不得不忍氣吞聲。科研機構早就怒不可遏，為什么也不出聲？因為雙重利益的糾纏，不愿意損害各自利益。于是各種扭曲力量絞合在一起，助長了今天的腐敗泛濫。管理部門很糾結，職責所系不能讓種子產業垮掉，但又害怕企業做大做強，官僚體制就會松動，甚至崩潰。某心靈扭曲導致惡政橫行，而官僚主義為虎作倀。制度性腐敗總會發威，或者企業崩潰，或者官僚勢力崩潰，或者同歸于盡。
如今，腐敗已經迫使技術失真，走向片面化和絕對化，絲毫不顧及科學技術。很慚愧，我不得不把40多年前的某些科學知識和應用技術說成是新的技術。這是因為那些自以為是的家伙自以為懂得育種、懂得試驗方法、還懂得統計學，其實不懂，但根本問題不是不懂技術，而是腐敗。恰恰是官僚集團在阻礙品種審定制度的改革與創新，也阻礙了育種方向的調整和技術創新。
遏制腐敗行為的措施之一就是利益區分。科研機構的品種區域試驗重新交給中國農科院和各省農科院領導和執行，然后經國家品種審定部門審定，通過利益區分和互相監督，至少可以遏制住目前品種區域試驗和審定過程中越來越嚴重的潛規則和腐敗行為。育繁推一體化企業的品種試驗走綠色通道。其他企業的品種試驗和審定繼續由農業部和各省農業管理部門組織試驗和審定。按照利益劃分進行管理，將可以有效地抑制腐敗行為。所有的品種試驗和審定以后，都施行注冊制度，與市場經濟銜接，所有的品種都要有人為其負責。
腐敗之下沒有真理。這是品種審定制度從技術環節演變成官僚體制后腐敗的根源。總有一天企業會壯大，人們就會回顧歷史而深究腐敗，到那時，不要再把責任推卸到專家教授和院士頭上，更不要推卸到企業頭上。知識缺陷和利益糾葛不等于是制度腐敗。但現在的分歧已經超出了知識和利益范疇……
盲目投資和局部泡沫是另一個制度性陷阱，其后果是誤導了企業的投資和育種方向。這個陷阱表面上看似乎很誘人，但足以置企業于死地。登海就是一例。在“超級”育種大項目誘惑之下，國家的少量投資吸引了企業的大量資源，由于偏離正確的育種方向，使得每年2000萬元上下的研發投入打了水漂，更導致企業收益率下降，進退維谷。今后要想走出陰影，就必須堅持改革與創新的思路，否則即使死不了，也活不好，不可能煥發出創新活力。
最近十幾年，有關部門審查種業投資項目，國家每年大約扶持10家左右企業發展種業技術，每年我都建議企業增加穗烘干工藝和現代化的加工設施，但很多企業不積極，表面應付，實際上不做事。到了2011年，國務院8號文件還沒有正式公布，企業已經聞風而動，開工建設穗烘干流水線。這時候，政府部門繼續加大投資力度，就已經轉變成誤導。2011年以后，國家就應該引導企業向商業育種研發的薄弱環節投入。可是，管理部門卻繼續超量投入基地建設和加工流水線建設，很快就導致種子生產和加工能力嚴重過剩，一年的種子庫存和生產量夠兩年銷售。預計很多企業將破產垮掉。而有關部門不需要承擔責任。他們還在憑借手中權力，把數量不多的國家種業經費集中向甘肅制種基地過量投入，沒有花在亟需要扶持的領域，不但浪費納稅人的錢，而且擾亂了市場經濟秩序，禍害的是企業。
不少企業渴望國家科技項目投入，但國家不過給了你區區小錢，卻要釣出你的大錢，投入到錯誤方向去。這樣的例子屢見不鮮，最突出的就是“超級”、“超”高產和“強優勢”育種。最近的事例則是分子育種平臺，個別官員一意孤行，幾家企業無奈，只好違心地各自認下幾百萬甚至上千萬元，滿足官員的投機心理，殊不知這是沒有任何產業基礎的冒險行為，無論企業的投入還是國家的幾個億投入都經不起瞎折騰，必將把部分企業拖垮。這件事還在發酵中，我們慢慢看結果好了。看什么呢？看誰會垮掉，看誰能撿便宜。
佟先生最近撰文指出，政府職能部門不應該“越位”，也不應該“缺位”，但不幸的是，兩者相伴而生，就不能不引起警覺，到底出了什么問題？這些絕非簡單的管理問題！
政府職能部門如果“越位”，插手市場經濟運行，管了不該管也管不好的事情，無論背后原因是什么，到頭來，只會造成市場混亂和惡性競爭。在品種審定這個技術性很強的環節強行插足的惡果只能是促成技術倒退和搞垮自己的種子產業，而行政性壟斷的桌面下掩藏著的卻是腐敗，現在該把問題擺到桌面上來討論的時候了。
為什么會有制度性腐敗蔓延？是利益集團充分利用了中國特色的計劃經濟與市場經濟混合體不和諧與制度的漏洞。處于強勢地位的雙重利益集團利用這些漏洞撈取好處卻不需要承擔社會責任。經過二三十年的演變，如今已經固化為集團利益。
在文革以前和文革以后的相當長時間內，我國玉米品種的區域試驗和審定制度曾經長期由中國農科院、各省農科院和種子管理系統分工共同主持，當時的管理和技術都比較求真務實，基本上符合科學發展規律，即使有些問題，都能夠合理解決，畢竟是科學技術問題。自從九十年代中期轉為行政管理以后越來越官僚腐敗化。外行管理者自以為是地揮舞指揮棒，不但導致育種越來越偏離產業發展方向，連技術路線也被扭曲，產業很難正常發展，于是腐敗盛行。腐敗勢力成為阻礙改革的主要力量。
存在制度性陷阱又得不到糾正，所以不得不反腐敗。企業要有所準備。如果改革順利，難道還需要反腐敗么？改革進行不下去，才需要以反腐敗開路。這是不得已而為之。
