大棚蔬菜因品種繁多，栽培方式多樣，耕作制度復雜，溫度高、濕度大，病害易發生，且病蟲害種類多，危害重。
有些菜農對于各種蔬菜病害，不論是真菌性病害、細菌性病害、病毒性病害還是生理性病害，看見蔬菜葉、果稍有變化就噴施農藥；對于各種蔬菜蟲害，不管是由螨類引起的還是蚜蟲引起的，也不管所用之藥能不能兼治其蟲，只要見蟲就打藥噴殺。這種做法是不對的。
其實，每種病蟲都有獨特的習性與危害特點，如白粉病易侵害瓜菜幼嫩部分，黑斑病則易從下部葉片開始浸染，螨類多集結于葉片背面吸取蔬菜汁液。大部分防治病蟲害的藥劑，專一性特別強，往往針對某一種或某一類病原物引起的病害或蟲害，對其他病害或蟲害則無效。所以在施藥時一定要因病、因蟲施藥。
個別菜農見到棚室內有蟲害，就想徹底消滅掉，其實完全沒有必要。從經濟學角度來講，棚室內的害蟲只要不超過防治指標就不應該防治，否則有可能會降低產出投入比，得不償失。
