1、引起菌群失調(diào)，二重感染。在我們?nèi)梭w的開放部位，比如皮膚上、腸道中、鼻咽部等，存在著許多不同種類的細(xì)菌，在正常情況下，相互制約處于一個平衡狀態(tài)，人體對這種狀態(tài)是適應(yīng)的，不會發(fā)生疾病，但當(dāng)長期使用某種抗生素后，其中的某類細(xì)菌被殺死，而另外的細(xì)菌在沒有制約的情況下，就會大量繁殖，生長，引起人體的感染，這種感染也叫二重感染。
2、會使細(xì)菌產(chǎn)生耐藥性。當(dāng)藥物作用于細(xì)菌時，細(xì)菌會自衛(wèi)、防御、反擊，最后的結(jié)果就是對抗生素產(chǎn)生抵抗力，也就是產(chǎn)生了耐藥性。如果我們?yōu)E用抗生素，有那么一天，環(huán)境中存在的致病菌有可能都是耐藥的，人體感染的都是耐藥菌。細(xì)菌產(chǎn)生耐藥性的速度遠(yuǎn)遠(yuǎn)快于我們新藥開發(fā)的速度，結(jié)果是人類將重新面臨很多感染性疾病的威脅。比如結(jié)核病是結(jié)核桿菌引起的傳染病，很多年前結(jié)核桿菌對抗生素很敏感，結(jié)核病控制得非常好，但是，現(xiàn)在耐藥的結(jié)核菌多了，治療起來非常棘手，這不但引起人體死亡率的增加，同時也增加了治療成本，造成嚴(yán)重的社會負(fù)擔(dān)。
3、藥品本身的不良反應(yīng)。抗生素進(jìn)入人體之后，發(fā)揮治療作用的同時，也會引起不良反應(yīng)，藥物越多，引起不良反應(yīng)的機(jī)會就越高。我們國家的藥物不良反應(yīng)三分之一是由抗生素引起的，抗生素的種類比較多，引起的不良反應(yīng)或者是嚴(yán)重的不良反應(yīng)涉及身體的每一個系統(tǒng)，如慶大霉素長期使用會造成腎臟損害，四環(huán)素大量使用會造成肝臟損害，兒童長期使用還會影響牙齒和骨骼的發(fā)育等等。
