1.使用劣質菌種：菌齡過長或過短，菌種退化，菌絲生活力弱，抗逆性差，或菌種長時間在溫度過低、過高的環境中存放，都會出現播種后不萌發，菌種塊菌絲萎縮的現象。
防治：選用適齡、優質菌種，并確保培養過程中溫度不要過低。
2.培養料溫度控制不當：當氣溫較高、培養料偏厚、菇房保溫性能較好時，播種后培養料內溫度較長時間超過42℃，會導致菌絲萎縮、死亡，造成燒菌；當溫度偏低或晝夜溫差過大時，也會引起菌絲生長緩慢、萎縮。一般菌絲生長期料溫不能長時間低于30℃，低于28℃雖然菌絲會生長，但產量不高，甚至不出菇。
防治：播種后，密切注意菇房內溫度及料溫，溫度過高，要通風換氣降溫，也可空間噴霧、地下倒水。溫度低時要及時保溫、加溫。
3.培養料水分控制不當：栽培草菇時，因培養料偏干而引起菌絲生長不正常的現象較少發生。但含水量過高，超過75%，或薄膜覆蓋過嚴，培養料不透氣，加上菇房通風條件不好，菌絲會因缺氧等萎縮或自溶。
防治：培養料處理按寧干勿濕的原則，噴“出菇水”時再適當增加噴水量。
4.調水不當：調水時，水溫過低，水流過猛，水量過大，菇蕾太小、通風不及時，引起菌絲萎縮、死亡。
防治：調水時，水溫必須在25℃以上。若料溫偏低，水溫最好在30℃以上。
5.雜菌與害蟲危害：競爭性雜菌與草菇菌絲爭奪營養。害蟲如線蟲、螨、菇蠅幼蟲會蠶食菌絲并引起雜菌、病毒感染，導致菌絲萎縮死亡。
防治：二次發酵要徹底；將菇房內的雜菌、害蟲殺滅；選用優良菌種；保持菇房周圍環境衛生。
6.藥害：播種后，有的菇農在防治病蟲害過程中，因使用藥物不當、濃度過高、使用量過大等不當操作，或噴水的容器裝過農藥未洗干凈，或在料中添加了過量的尿素而產生重氨料，都會導致藥害造成菌絲萎縮、死亡。
防冶：在使用藥物前，一定要對癥下藥，并仔細閱讀使用說明；噴水的容器必須與噴農藥的容器分開使用。
防治：選用適齡、優質菌種，并確保培養過程中溫度不要過低。
2.培養料溫度控制不當：當氣溫較高、培養料偏厚、菇房保溫性能較好時，播種后培養料內溫度較長時間超過42℃，會導致菌絲萎縮、死亡，造成燒菌；當溫度偏低或晝夜溫差過大時，也會引起菌絲生長緩慢、萎縮。一般菌絲生長期料溫不能長時間低于30℃，低于28℃雖然菌絲會生長，但產量不高，甚至不出菇。
防治：播種后，密切注意菇房內溫度及料溫，溫度過高，要通風換氣降溫，也可空間噴霧、地下倒水。溫度低時要及時保溫、加溫。
3.培養料水分控制不當：栽培草菇時，因培養料偏干而引起菌絲生長不正常的現象較少發生。但含水量過高，超過75%，或薄膜覆蓋過嚴，培養料不透氣，加上菇房通風條件不好，菌絲會因缺氧等萎縮或自溶。
防治：培養料處理按寧干勿濕的原則，噴“出菇水”時再適當增加噴水量。
4.調水不當：調水時，水溫過低，水流過猛，水量過大，菇蕾太小、通風不及時，引起菌絲萎縮、死亡。
防治：調水時，水溫必須在25℃以上。若料溫偏低，水溫最好在30℃以上。
5.雜菌與害蟲危害：競爭性雜菌與草菇菌絲爭奪營養。害蟲如線蟲、螨、菇蠅幼蟲會蠶食菌絲并引起雜菌、病毒感染，導致菌絲萎縮死亡。
防治：二次發酵要徹底；將菇房內的雜菌、害蟲殺滅；選用優良菌種；保持菇房周圍環境衛生。
6.藥害：播種后，有的菇農在防治病蟲害過程中，因使用藥物不當、濃度過高、使用量過大等不當操作，或噴水的容器裝過農藥未洗干凈，或在料中添加了過量的尿素而產生重氨料，都會導致藥害造成菌絲萎縮、死亡。
防冶：在使用藥物前，一定要對癥下藥，并仔細閱讀使用說明；噴水的容器必須與噴農藥的容器分開使用。
