種子催芽后即出芽、長根。最早只長出一條根，叫種根（主根），是由種子的胚根發育長成的。以后由莖節的根點長出的須根，叫不定根。芽鞘節和不完全葉節大約發根5條，第一、二、三位葉節約發根10條，第四葉位以上的節大約發根10～20條。這是因為葉片由下而上順次增大，供應發根的養分便順次增多，發根也增多。地上部的節，一般不發根。由葉片制造的營養是經過葉鞘和莖節的維管束輸送到根原基，促進發根。維管束數的增減受環境和栽培條件的影響。在土壤濕潤的狀態下，氧氣充足，發根較多，且有根毛。在深灌水條件下，土壤處于還原狀態，缺乏氧氣，影響根的呼吸作用，無根毛并出現黑根和爛根，根的生長對溫度的要求，以32℃最適宜；當土壤在25℃時，發根多，但較短；在5℃時，很少發根。冷底田或用水庫底層冷水灌溉的稻田，發根量也很少。插秧深度達3～4寸的會出現細而長的伸長節間，成為兩段生根。發生兩段生根的植株，常常是少分蘗或不分蘗，或遲分蘗而成為無效分蘗。且莖稈細弱易倒伏。所以，插秧不宜過深。
芽鞘節的根可使幼芽扎根，谷芽轉身和出針。不完全葉位節和第一完全葉位節出生的根，是在秧苗斷乳期起吸收養分的作用。第二葉位以上的節生出的根，對秧苗生長和移植后的生長起作用。在正常情況下，插秧后7天發根旺盛。最初長出的根角度較小；中部節位的根角度較大；上部節位長出的根，呈水平分布，似網狀。后期吸水吸肥就靠這些根。因此，在孕穗期不宜下田踩踏，以免踩斷對開花結實起主要作用的橫根。
根的生長與地上部是相適應的。根起固定和支持作用，并能合成氨基酸等有機物質，輸送到地上部供合成蛋白質。根所吸收的無機養分，有75～95%供莖葉所需，只殘留少部分在根部。而根所需的有機物質，則是由地上部供應的。這樣就形成了根和莖葉對營養機能的分工，又起著相互促進的作用。
水稻根所處的土壤環境是缺乏氧氣的，由葉片向根輸送來的氧氣，除滿足根本身呼吸的需要外，還有一些從根的表皮向外分泌，氧氣就把根包圍起來，以免受到土壤中還原物質的毒害，這種現象稱為泌氧現象。新根泌氧較多，呈白色，吸肥吸水能力強，老根常有銹斑出現，是因為水田中可溶性的氫氧化亞鐵，氧化成難溶的氫氧化鐵，積聚在根際周圍，甚至附著在根的表面上，使者根出現銹斑。長期深灌的稻田會產生硫化氫，當根際周圍的氫氧化鐵，不足以同硫化氫化合時，稻根會受硫化氫等有毒物質危害，發生爛根。當出現黑根而不致爛根時，通過排水露田或曬田，增加土壤中的氧氣，以加強氧化作用，可使黑根顏色轉變，避免爛根。
水稻根的強弱，就一條根來說，根的尖端生活力最強。以一株水稻來說，新根比老根生活力強。生活力強的根吸收水分和養分的能力強，呼吸作用也強。呼吸作用的強弱，主要受氧氣和碳水化合物的供應狀況的影響。缺乏氧氣的重粘土，會大量奪走稻根所分泌出來的氧氣，造成供應根呼吸所需的氧氣減少，使根的生活力下降。若施用氮肥過多，就會造成葉片彎垂鋪霧，使供應稻根養分的下部葉，因得不到直射陽光而制造的碳水化合物減少，根的生活力下降。有的禾苗前期生長不錯，但后期早死稈，好禾不好谷。主要是供應稻根所需的氧氣和碳水化合物不足，根過早衰老，生活力下降，吸收水分和養分的能力降低；葉片因得不到充分的水分和養分，也過早干枯，以致影響到谷粒的充實。
芽鞘節的根可使幼芽扎根，谷芽轉身和出針。不完全葉位節和第一完全葉位節出生的根，是在秧苗斷乳期起吸收養分的作用。第二葉位以上的節生出的根，對秧苗生長和移植后的生長起作用。在正常情況下，插秧后7天發根旺盛。最初長出的根角度較小；中部節位的根角度較大；上部節位長出的根，呈水平分布，似網狀。后期吸水吸肥就靠這些根。因此，在孕穗期不宜下田踩踏，以免踩斷對開花結實起主要作用的橫根。
根的生長與地上部是相適應的。根起固定和支持作用，并能合成氨基酸等有機物質，輸送到地上部供合成蛋白質。根所吸收的無機養分，有75～95%供莖葉所需，只殘留少部分在根部。而根所需的有機物質，則是由地上部供應的。這樣就形成了根和莖葉對營養機能的分工，又起著相互促進的作用。
水稻根所處的土壤環境是缺乏氧氣的，由葉片向根輸送來的氧氣，除滿足根本身呼吸的需要外，還有一些從根的表皮向外分泌，氧氣就把根包圍起來，以免受到土壤中還原物質的毒害，這種現象稱為泌氧現象。新根泌氧較多，呈白色，吸肥吸水能力強，老根常有銹斑出現，是因為水田中可溶性的氫氧化亞鐵，氧化成難溶的氫氧化鐵，積聚在根際周圍，甚至附著在根的表面上，使者根出現銹斑。長期深灌的稻田會產生硫化氫，當根際周圍的氫氧化鐵，不足以同硫化氫化合時，稻根會受硫化氫等有毒物質危害，發生爛根。當出現黑根而不致爛根時，通過排水露田或曬田，增加土壤中的氧氣，以加強氧化作用，可使黑根顏色轉變，避免爛根。
水稻根的強弱，就一條根來說，根的尖端生活力最強。以一株水稻來說，新根比老根生活力強。生活力強的根吸收水分和養分的能力強，呼吸作用也強。呼吸作用的強弱，主要受氧氣和碳水化合物的供應狀況的影響。缺乏氧氣的重粘土，會大量奪走稻根所分泌出來的氧氣，造成供應根呼吸所需的氧氣減少，使根的生活力下降。若施用氮肥過多，就會造成葉片彎垂鋪霧，使供應稻根養分的下部葉，因得不到直射陽光而制造的碳水化合物減少，根的生活力下降。有的禾苗前期生長不錯，但后期早死稈，好禾不好谷。主要是供應稻根所需的氧氣和碳水化合物不足，根過早衰老，生活力下降，吸收水分和養分的能力降低；葉片因得不到充分的水分和養分，也過早干枯，以致影響到谷粒的充實。
