一、溫度過高當菇蕾形成和生長時，菇棚（房）的溫度突然升高或連續數天在20℃以上，再加上通氣不良，菇蕾就會萎縮變黃，最后死亡。這種情況常發生在秋末或早春，因菇蕾在低溫條件下形成，其營養是由菌絲向子實體運送，而當溫度突然升高時，營養又由子實體倒流回菌絲體，菇蕾因得不到營養而死亡。防治方法：密切注意氣溫變化，根據天氣預報調節好菇棚（房）的溫度，使菇棚（房）溫度保持在20℃以下，嚴防菇棚（房）溫度突然升高。
二、菇棚（房）通氣不良冬季，菇農為保持菇棚（房）溫度，常將菇棚（房）關閉嚴密，而忽略通氣。也可能由于菇棚（房）過大，周圍雖有通氣孔，但通氣不均勻，菇棚（房）內外氣體不能交換，菇棚（房）內供氣不足，菇蕾或幼菇得不到充足的氧氣而窒息死亡。防治方法：無論在什么情況下，都要注意菇棚（房）通氣，每天通氣1～2次，氣溫高時可在早上或晚上通氣，氣溫低時可在中午前后通氣，通氣時間可適當短些。有風天，只開背風的通氣孔，而無風的晴天，通氣孔都開啟，使空氣充分流通。
三、用水不當 在幼菇生長期間，直接向菇床及菇體上噴水，使菇棚（房）內濕度過大，若菇棚（房）通氣不良，使菇體上的積水不能及時散發，而在菇體表面形成水膜，被水漬死，或誘發細菌病害，使幼菇腐爛死亡。菌筒或覆土層缺水，幼菇得不到足夠水分而枯死。也可能在菇棚（房）溫度高時，直接向菇體噴水，菇蕾突然受刺激而死。防治方法：當菇棚（房）溫度在20℃以上時，不能噴水；每次噴水時要注意通氣，不噴悶水；在菇蕾或幼菇期不可直接將水噴在菇體及菇床上，應向地面及空間噴水，保持菇棚（房）適宜濕度；菌筒或覆土水分不足時，及時補水調濕。
四、出菇過密 床栽的食用菌如雙孢菇、雞腿菇等由于培養料偏干或覆土太薄，覆土后菌絲生長快，在表層形成密集菇蕾，但因營養滿足不了過多菇蕾的需要，使部分菇蕾死掉。袋栽菇類如香菇、平菇等，當菌絲還未發育成熟時，遇晝夜溫差大，或菌袋翻動次數過多，浸水時間偏長，也會形成密集菇蕾，這些菇蕾大部分死亡。防治方法：覆土厚度控制在3～5厘米；覆土后及時噴水調濕，使土壤含水量保持在18％～20％。菌袋栽培培養到菌絲體生理成熟，再進行催蕾。催蕾時溫差刺激時間不可過長，3～4天即可。
五、病蟲危害及用藥不當 病蟲危害或噴藥過多、用藥濃度過大，都會使菇蕾或幼菇死亡，甚至栽培失敗。防治方法：在出菇期間不用化學方法防治，可用誘殺和人工捕殺的方法進行防治。若必須使用農藥時，也只能在菇采收后，選用低毒、低殘留的藥物，使用濃度控制在允許范圍內。
