1、畸形菇
子實體長成塊狀或球形，菌蓋小或無菌蓋。其發生原因是：使用了已老化的菌種；通風不良使子實體難以正常發育。
防治方法是：使用健壯的優良菌種接種；加強栽培室的通風換氣。
2、栽培袋的側面出菇
由于培養料裝袋太松，沒有裝實，通過栽培袋相互擠壓，致使培養料與塑料袋之間產生空隙，為菌絲扭結提供了空氣和空間；通過光刺激和搬運時震動，使空隙間的菌絲扭結形成原基，發育成子實體。
防治方法：裝袋時培養料要壓實，料和袋壁緊密結合；滅菌時排袋要松緊適度，滅菌結束要緩慢排氣，防止料袋膨脹變形；搬運菌袋要輕拿輕放，防止過大震動。
3、子實體形成很多，但商品菇少
出現這種現象主要是菇蕾形成過密，未及時進行疏蕾。
防治方法：當菇蕾長至2cm大小時，用銳利的小刀去畸形或過密的菇蕾，留下生長能力強、商品性好的子實體。
4、子實體黃化、枯萎、腐爛
主要是由于菇房溫度過高濕度過大造成。如果子實體上分泌黃色液體，黃化、腐爛發臭，這是假單胞桿菌引起的細菌性病害；假如子實體基部變軟呈海綿狀，有許多孔道，并可見到白色幼蟲，這是由于菌蚊的危害。
防治方法：①、控制培養室的溫度和濕度，使室溫不超過18℃，空氣相對濕度在80%～85%，通風換氣。②、菇房的門窗應安網紗，以防止成蟲飛入產卵、用誘殺的方法誘殺成蟲，或采完一茬菇后噴灑高效低毒的殺蟲劑。
5、菌柄中空
其主要原因是菌種退化，應選用優質菌種；室溫過高、空氣過濕，由于室溫超過15℃，空氣相對濕度超過90%，子實體生長迅速，機質內缺水，營養供應不足而導致菌柄中空。
防治方法：調節栽培室的溫、濕、氣的關系，搞好降溫、降濕、通風工作；經常檢查基質的水份情況，及時進行調整。
如果栽培袋排放太密或出菇過多造成通風不良，養分供給不足，也會導致菇柄中空。
防治方法：排袋時，袋與袋之間應留2～3cm空隙，便于通風；適時開袋，子實體過密時，采用疏蕾方法，每個栽培袋只留2～3個健壯的子實體。如果培養料中養分不足，也會造成菇柄中空，因此栽培杏鮑菇的培養料應采用優質的配方，適當增加氮素營養。
