蘑菇菌種分為母種、原種、栽培種三個級別，其中原種與栽培中由于培養基相同，這兩種菌種鑒別方法相同。母種的鑒定：蘑菇菌絲在母種中有氣生型和匍匐型兩種表現，菌絲顏色均為灰白色。氣生型菌絲生長旺盛、菌絲尖端清晰整齊，基內菌絲較發達，生長速度快；匍匐型菌絲貼生于培養基的表面，呈索狀生長，挺拔有力，但生長較慢。試管內培養基顏色正常，不失水萎縮，無黃白色菌被。在試擴大培養階段，菌種塊在48小時內萌發，15天封面，且菌絲出現少量菌絲索的，可以作為優質母鐘用于生產。原種與栽培種的鑒定：蘑菇原種與栽培種的培養基通常選用糞草培養料或麥粒培養料，不論采用哪一種培養料，優質菌種的菌絲生長挺直有力，菌絲排列稀疏、清晰，呈扇形生長，菌絲緊貼瓶壁，有少量粗壯的菌絲索，菌絲不失水，不收縮離開瓶壁，無黃褐色積液，無雜菌污染，視為優質菌種。
