死于EMC的豬的病理變化都相似。尸體解剖時，仔豬胃內有正常的凝乳塊，胸腔和腹腔內有深黃色液體，肺臟和胃大彎水腫，腎皺縮，被膜有出血點，肝臟也呈皺縮狀態。脾臟缺血萎縮，比正常脾臟小一半。腎淋巴結、胃黏膜、膀胱充血，胸腺有小的出血點。心肌彌散性灰白色，心肌柔軟，右心擴張，心室肌可見許多散在的白色病灶，2-15mm，線狀或圓形，或為界線不清的大片灰白色區，偶爾可見白堊樣斑。
組織學檢查，心肌發生局灶性間質性心肌炎，病灶中心的心肌纖維溶解，肌膜和胞核尚且保留，心肌壞死灶中有淋巴細胞、單核細胞或少量嗜中性白細胞浸潤。無化膿現象，病程較長者，心肌病灶可發生鈣化或機化。少數病例可見到輕度的彌漫性亞急性腦膜腦炎的變化，肺泡上皮下間質細胞過度增生并伴有巨噬細胞聚集，腎臟和肝臟充血。
