一忌不同品種混放。水稻品種較多，不同品種的生育期有長有短，播種期有早有遲，如果混放在一起，容易弄錯播種期，影響水稻的產量。不同品種應該分囤貯藏或者分袋貯藏，并要做好品種標記。
二忌稻種含水量過高。稻種安全貯藏的含水量警戒線為12.5-13%。如果含水量過高，貯藏期間稻種的呼吸作用增強，容易發熱霉變、腐爛變質，這會降低種子發芽率。
三忌直接放在地上。不管用什么容器裝稻種，都不能把稻種直接放在地上。一般情況下地面都比較潮濕，直接放在地上的稻種容易因為受潮而發生霉變，這也會降低種子的發芽率。
四忌煙氣熏蒸。在貯藏期間如果長時間地被煙氣熏蒸，一會降低稻種的發芽率，二會影響稻種播種后秧苗期秧苗的長勢。
五忌與農藥化肥混貯。農藥和化肥都有容易揮發的特性，它們如果與種子混合貯藏，會導致種子中毒，種子的生命力也會因此而大大降低。
六忌長期不翻曬。稻種貯藏時間長了容易吸收空氣中的水分，若長期不翻曬，就會引起發熱霉變，也容易遭到蟲蛀。
