在肉品檢驗時因病灶內毛霉菌絲極易與豬結核病、寄生蟲性肉芽腫和豬腫瘤相混淆，故要進行鑒別診斷。
毛霉菌病的腫塊樣病灶的邊緣內有一圈花邊樣的出血帶；腫瘤性腫塊也可有出血，但呈不規則的點綴其中；結核肉芽腫的病灶中，出血不常見，即使有出血，也為不規則的。毛霉菌病腫塊樣病灶呈灰白色，質較軟，但一般因有各類炎性細胞、纖維和壞死區的緣故，故質地不均勻；腫瘤性腫塊也呈灰白色，質較軟，但因為是一致性的腫瘤細胞組成，所以質地均勻；結核性肉芽腫一般呈慢性經過，有大量的纖維組織增生，故質地較硬。
毛霉菌病腫塊樣病灶中央可有干酪樣壞死或化膿；腫瘤性腫塊一般無此特點；而結核除干酪樣壞死和化膿外，還可有石灰樣鈣化。
