影響消毒劑活性的因素包括濃度、接觸時間、溫度、PH、有機物和其他物質的存在以及侵入微生物的類型等。
1、濃度：有效殺滅某一菌體的時間取決于抗菌濃度，有些消毒劑濃度小幅度下降 抗菌效果就會大幅度下降，
2、溫度：溫度升高可使殺菌效果增強。
3、PH： 消毒場地的PH可通過影響消毒劑成分或細菌細胞而影響消毒效果，酚類和酸類PH升高活性降低，
而堿類、戊二醛在堿性P好中消毒活性更強。
4、污染物：為達到消毒效果的最大化，最重要的一步就是徹底清潔場所，有些物質如食物，糞便等均被認為
通過某些化學反應直接降低殺菌活性。
5、微生物類型：不同類型的微生物對消毒劑的敏感性不同。
6、生物被膜(芽孢)
