化學消毒藥應用最為廣泛，以下是幾種常用消毒藥品及使用方法：
1.石灰水：用新鮮石灰配成10%～20%的石灰水，可用來消毒場地、粉刷棚圈墻壁等，石灰水的灰水現配現用，放置時間過長會失效。
2.草木灰水：適用于對棚圈、用具和器械等的消毒，草木灰水配制方法為：在10公斤水中加2公斤至3公斤的新鮮草木灰，加熱煮沸（或用熱水浸泡3晝夜），待草木灰水澄清后使用，將草木灰水加熱后使用才有顯著的消毒效果。
3.燒堿：2%燒堿溶液可用來消毒棚圈、場地、用具和車輛等，3%～5%的燒堿溶液可消毒被炭疽芽孢污染的地面，消毒棚圈時，將家畜趕（牽）出欄圈，經半天時間，消毒的飼槽、水槽、水泥地或木板地用水沖洗后，再讓家畜進圈。
4.過氧乙酸：2%～5%的過氧乙酸溶液，可噴霧消毒棚圈、場地、墻壁、用具、車船、糞便等。
5.復合酚：復合酚100倍～300倍液，適用于消毒畜舍、場地、污物等。
6.百毒殺：用百毒殺3000倍稀釋液噴灑、沖洗、浸漬，可用來消毒畜舍、機械、器具等，百毒殺2000倍稀釋液可用于緊急預防畜禽舍的消毒，百毒殺10000倍～20000倍稀釋液可用于儲水塔、飲水器消毒，可以殺死微生物、除藻、除臭、改善水質。
7.注意事項：消毒藥品及消毒用具、場所盡量不要讓小孩接觸，防止造成傷害。
