1、原種被國外控制
種豬生產位于生豬產業鏈的頂端，利潤大，技術含量高，是養豬業的核心競爭力，是養豬強國的重要標志，也是我國養豬業最薄弱的環節。
我們不妨回顧下近5年以來中國從國外引進種豬的數量：2009年引進 2488 頭， 2010 年引進 2918 頭， 2011 年引進 7166 頭， 2012年引進 12580 頭， 2013 年 14312 頭。
從這些數字上來看，中國已成為名副其實的世界最大種豬進口國，同時也導致中國常年只能充當養豬強國 “打工者”的角色。造成這種現象有一個重要原因———“長期重引進輕選育”，從而陷入 “引種—退化—再引種”的怪圈，可嘆可悲。
2、飼料資源匱乏
我國飼料資源匱乏有兩大原因：一是消費量大，二是技術不過關，造成的浪費現象嚴重。
據測算：2020和2030年我國飼料用糧將分別占糧食總量 43 、 50 。隨著人民生活水平的不斷提高，人們對畜產品的需求量日益增大，人畜爭糧矛盾日趨突出，飼料資源不足已經成為制約我國養豬業發展的瓶頸問題。
一方面由于糧食供需平衡的脆弱，導致飼料原料供應緊張，尤其是蛋白質飼料資源嚴重依賴進口;另一方面，由于在飼料原料應用研究方面投入不足，可利用氨基酸為基礎配方技術推廣不力，非常規飼料資源開發力度不夠，加之中國飼料轉化效率偏低，造成了現有資源的嚴重浪費。
3、疫病嚴重
隨著我國養豬業的擴大，養豬數量上去的同時，豬的疾病種類也越來越多，養殖戶是防不勝防。
一方面原有的對豬威脅較嚴重的疾病尚未得到全面、有效的控制，如大腸桿菌病、豬瘟、口蹄疫等。
另一方面，由于種豬和疫苗的進口，一些新的傳染病也隨之帶入，如豬的繁殖呼吸綜合征、斷奶仔豬多系統衰竭綜合征等，目前尚無有效的防治辦法。
我國對養豬生產環境中有害微生物和有害氣體的快速檢測和控制、環境的消毒管理規程、衛生控制的規范、衛生控制標準等還缺乏系統研究，加之種豬交流的頻繁和商品豬流通的無序狀態，防疫體系不完善，疾病的綜合防制措施不力，嚴重地危害了養豬業的發展。
