1.增加作物產(chǎn)量
各類微生物肥料的增產(chǎn)幅度在10% 左右，其中以復(fù)合微生物肥料增產(chǎn)效果最明顯，達(dá)到20% 以上。研究表明：單獨(dú)施用微生物肥料沒有配施有機(jī)肥或化肥對馬鈴薯的增產(chǎn)效果明顯，但是微生物肥料在作物增產(chǎn)中只起到輔助作用，不能代替有機(jī)肥和化肥而單獨(dú)使用。
2.改善作物品質(zhì)
微生物肥料能改善作物品質(zhì)已是不爭的事實(shí)。 某些微生物肥料即使沒有明顯的增產(chǎn)作用，但仍然能改善作物品質(zhì)。 施用微生物肥料能夠在明顯提高蔬菜含糖量和維生素C含量的同時降低蔬菜的硝酸鹽含量。
微生物肥料對水果品質(zhì)的影響也比較明顯。劉利軍等人的研究表明：在使用微生物肥料后，碭山酥梨葉片氮含量顯著降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc 含量等明顯增加，并證明了果實(shí)的品質(zhì)、耐貯性和梨果的等級均顯著提高。
3.減輕病蟲藥害
試驗(yàn)結(jié)果表明微生物肥料對大田棉花枯萎病和茄子黃萎病均具有穩(wěn)定的控制作用，病情指數(shù)分別降至38.2 和23.5。煙草專用微生物肥料能減輕煙草病毒病害、促進(jìn)煙草的生長，降低雜氣和刺激性。微生物肥料能有效減輕土壤中殘留除草劑對作物的藥害。
4.改善土壤結(jié)構(gòu)
長期施用微生物肥料，能夠恢復(fù)土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成，起到疏松土壤、消除土壤板結(jié)、改善土壤結(jié)構(gòu)的作用。
據(jù)報道，在北方寒地黑土上連續(xù)3年施用土壤磷素活化劑，土壤容重下降0.1~0.3，疏松土壤效果非常顯著。也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促進(jìn)了土壤中有機(jī)質(zhì)的釋放，改善了土壤的理化性質(zhì)，增加了土壤團(tuán)粒，改善了土壤結(jié)構(gòu)。
