微生物肥料在土壤中究竟起到什么作用？有關專家認為，微生物肥料在土壤中主要扮演五個角色：
一是土壤的“造就師”。微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，與植物粘液、礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，有效打破土壤板結，促進團粒結構的形成，并能改善土壤的通氣狀況，促進有機質、腐殖酸和腐殖質的生成。
二是“養分轉換師”。微生物在土壤中物質和能量的輸入輸出中扮演著非常重要的角色，是物質循環鏈上的重要環節。它能夠活化土壤有機與無機養分，分解有機物，釋放養分，增加養分的有效性。
三是土壤的“清潔師”。微生物在其繁殖和代謝過程中，可以降解土壤中殘留的化肥、有機農藥、重金屬和其他污染物等，在其理化反應中對上述污染物質進行分解、轉化、固定、轉移以及新的無害化合成，把他們分解成低害甚至無害的物質，從而降低土壤污染的程度。
四是土壤的“治療師”。土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它們能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，這樣就可以防治和減少土壤中土傳病害微生物對作物的危害，提高作物產量和品質。對土壤進行“解毒”和“保健”，調控和維護土壤的健康質量。
五是土壤的“營養師”。微生物肥料具有解磷、解鉀、固氮的作用，促進土壤中微量元素的釋放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％。在一定的條件下，還能參與腐殖質形成，有利于提高土壤肥力。
