抗生素的濫用是一個世界性問題，但在我國更為嚴重。2013年的統計表明，我國抗生素年使用量達16.2萬噸，約占世界總用量的一半，其中52%為獸用。在畜禽養殖業中，約85%以上抗生素藥物未被代謝而是直接排放至環境中。據估算，我國每年畜禽糞便排泄物排放量高達45億噸。將生命與食物品質科學、微生物制藥工程、功能食品及生物資源工程作為研究方向的全國政協委員、中山大學食品與健康工程研究院院長劉昕，連續幾年的提案均圍繞抗生素污染而展開。今年全國兩會上，“抗生素污染物”再次被劉昕關注。
劉昕強調，抗生素抗性基因對環境生態和人類健康危害被列為21世紀威脅人類健康的最重大挑戰之一。抗生素抗性基因在環境中可持久性殘留、遷移，并可通過基因水平轉移在菌群間傳播，誘導耐藥菌株產生，對環境生態和人類健康的危害遠大于抗生素殘留。
近日，復旦大學一項關于抗生素的研究引起廣泛關注。研究發現，嬰幼兒時期抗生素的使用與兒童時期肥胖風險有關。研究人員從數千份兒童尿樣中測定出21種抗生素，包括5種大環內酯類抗生素、2種β-內酰胺類抗生素、3種四環素類抗生素、4種喹諾酮類抗生素、4種磺胺類抗生素和3種氯霉素類抗生素，其中79.6%的學齡兒童尿液中檢出一種或多種抗生素，而且在兒童尿液中還檢測到金霉素、恩諾沙星等只限于禽畜使用的抗生素。
據估算，我國每年畜禽糞便排泄物排放量高達45億噸，水產養殖業使用的抗生素僅有10%—20%被魚類吸收，80%—90%進入水環境中。
抗生素的大量使用，已引起耐藥菌的大幅增長。臨床抗生素濫用的嚴重后果是造成細菌對已有的抗生素產生交叉耐藥和多重耐藥現象，使臨床難治性、感染性疾病發生率明顯上升，可能導致臨床對耐藥菌束手無策。例如，天然青霉素在控制金黃色葡萄球菌感染方面幾乎已失去藥用價值，人群中感染的金黃色葡萄球菌接近80%產生了對青霉素G的耐藥性；我國醫院中分離到的大腸桿菌對氟喳諾酮的耐藥率在50%—60%，而在歐洲及美國為5%以下。
據統計，我國獸藥漁藥抗生素用量約為美國的4倍，且大量使用的獸藥漁藥至今未制定藥物殘留指標。2014年第9期《科學通報》發表文章，報告了68種抗生素在我國地表水環境中被檢出，其中一些抗生素在珠江、黃浦江等地的檢出頻率高達100%，有些抗生素檢出的濃度高達每升幾百納克（工業發達國家水體中被檢出濃度小于20納克）。每天排放數量龐大的工業廢水、城市生活污水、農村生活污水及水產養殖業的直接排放等，均可對地表水、地下水以及農田土壤環境造成嚴重污染。迄今為止，已經有16種四環素類抗性基因、3種磺胺類抗性基因和10種β-內酰胺類抗性基因，在廢水、河流、海洋、灌溉渠、養殖場水體、污水處理廠、飲用水、沉積物、土壤、空氣等環境介質中被發現，表明這些污染物已經無處不在。被抗生素污染的水可通過各種途徑進入河流、地下水源，抗生素抗性基因可以通過多種途徑如土壤、飲用水、糞便、微生物、動物、植物和人之間相互傳遞，可導致土壤成為巨大的耐藥基因庫，將對環境微生態造成嚴重的影響。
工業發達國家均采取嚴厲的手段限制抗生素的使用，城市中污水處理率幾乎達到100%，處理后的污水未達到標準嚴禁排放入水環境中。目前，我國許多城市污水處理率不足70%，大量未經任何處理的污水直接排入江河。
