化肥開征增值稅是我國調控化肥市場的一種手段，我國為了使化肥行業能夠穩定的發展，改變我國化肥供大于求這一現狀，實施了化肥增值稅復征這一政策。征收化肥增值稅對我國化肥行業來說將是一場巨大的挑戰，開征增值稅對氮、磷單質肥的影響有限，對鉀肥的影響較大。
一、復合肥企業稅賦增加
復合肥生產企業無論大小，基本都是盈利的，企業進項稅普遍小于銷項稅（不考慮固定資產投資的抵扣），也就是說開征增值稅，必然會增加復合肥生產企業的稅賦。
二、大、小企業價格差距或進一步拉大
復合肥銷售的下游客戶以小規模納稅人為主，并不需要進項抵扣（要不要發票無所謂）。對財務不規范的小型復合肥企業來說，在銷項大于進項稅額的情況下，完全可以通過銷售不開票的方式，降低增值稅的納稅額。對大企業來說，財務很健全，不可能有兩本賬，即使下游不要發票，也會按正常的價格正常開票，造成納稅額要大大高于小企業，從而拉大大小企業間價格的差距。
三、對新產品的推廣有所抑制
增值稅是對“增值”部分征稅。復合肥新產品的定價高，利潤高，增值大，推廣中大量采用會議營銷等推廣手段，很多環節很難確保取得增值稅進項發票用于抵扣，造成新產品的納稅額大大提高。在企業保持增值稅開征之前同樣利潤的情況下，新產品的價格就會進一步提高，拉大同傳統產品間的價格差距，從而抑制新產品的推廣。
四、單質肥銷量或將提升
開征增值稅后，復合肥的納稅額將大大高于單質肥，使得復合肥進一步喪失對單質肥的價格優勢，可能會促成更多的農民寧愿犧牲復合肥的方便性而選擇便宜的單質肥。
化肥開征增值稅影響深遠，具體如何影響市場，還有待進一步觀察。
