為實現畜禽養殖廢棄物資源化、無害化處理，東營市積極實施有機肥生產加工，實現資源循環利用。截至目前。已建成并投用的有機肥廠包括?？傻蒙镉袡C肥廠、山東興田肥業有限公司、勝大奶牛場有機肥生產基地、東營沃源肥業有限公司、東營市升茂肥料有限責任公司等，輻射半徑基本涵蓋了大部分規?；B殖場及養殖專業戶。
東營市高度重視農業源污染減排工作。截至2014年底，全市農業源化學需氧量、氨氮分別累計削減12%和10%。
東營市充分發揮全市幅員遼闊的優勢，大力實施種養一體化。東營神舟澳亞現代牧場有限公司是全市大型規?；膛ｐB殖場之一，年存欄量為1.5萬頭。公司內部建有沼氣發電項目，牧場周邊還配套建有4萬畝紫花苜蓿基地。用奶牛場的沼液噴灌施有機肥，種植苜蓿，苜蓿長勢好、產量高。利用苜蓿制作出上乘的青貯飼料，來喂養奶牛，奶牛產奶量高、品質好，實現了種養結合，資源高效循環利用。
根據各地區養殖專業戶的分布情況及養殖種類和數量，東營市合理布局，大力推進防雨防滲儲糞場及污水尿液有機肥儲存池、沼氣池等集中治污設施項目建設。指定專用車定期向各養殖戶收集畜禽糞便進行堆肥發酵，沼渣送到附近有機肥廠進行加工處理生產有機肥，有效地解決了農村畜禽糞便污染環境問題。
