這次《種子法》修改草案中，將種子生產許可證和種子經營許可證“兩證合一”，即企業只辦一個證——在注冊地辦種子生產經營許可證，即可在適宜的地方開展種子生產和經營。
這樣改的目的，一是減少行政許可，減少企業麻煩。如一個玉米種子的經營企業，要在甘肅的張掖制種，可以自己持生產經營許可證到當地和農民租地制種；也可以直接委托當地的種子生產企業制種。這個種子生產企業不用先到縣區種子管理機構申請，審核通過后再到省里的種子管理局辦許可證，省去很多時間。但生產種子前應向所在地縣級種子管理機構備案，也就是要告知當地，我在你縣的哪個鄉鎮哪個村、受何企業委托、生產多大面積的哪個品種。受委托制種的企業，備案時應出示委托書。這樣備案的目的是為了加強制種市場的管理。
二是便于控制私繁濫制。單純的種子生產型企業不用辦理許可證，但要制種就要和有生產經營許可證的企業簽訂委托生產合同。如果制種者自己沒有生產經營許可證，又沒有委托書，就是私繁濫制。現行種子法對生產許可證申領者的硬件要求很全面，但對所生產種子的來源要求不嚴，只要求“申請領取具有植物新品種權的種子生產許可證的，應當征得品種權人的書面同意。”一些沒有品種權的品種，容易被私繁濫制侵權。
在《種子法》修改草案征求意見時，對“兩證合一”也提了一些意見。一種是種子企業提的，認為“兩證合一”，還要到種子生產地去辦生產經營許可證，豈不更麻煩了？這是一種誤讀，沒有認真讀修改草案。另一種意見是種子管理機構提的，認為不辦種子生產許可證，加大了管理難度。這對種子生產重點縣、省的種子管理機構來說，是減少了審核權和許可權。權力小了，但責任還在，應把力量重點放在市場監管上，查處私繁濫制，打擊侵權套牌。
如果這個修改草案獲得通過，中國種子協會應制發一個種子生產委托書標準樣本，統一格式，以便于監督管理。
